OpenPNE2.14.ｘを使ってたために、ずっとエラーとなってたんですが、今回3.6.14にバージョンアップしました。
したら、見事に問題が発生しました。

画像ファイルが表示されない、PDFファイルが表示されない。

どの作業で失敗したのか、とりあえずデータ移行に失敗していたようで。
そのまま元テーブルがDROPされるから復旧も出来ず。

過去のバックアップがないか調べたらなんとか2010年に取得してたバックアップがあったので、そこから復旧。
HOTSWAPさせたりとかPHPファイル内容確認してSQL組んだりとか色々面倒でした。

PDFファイルに関しては移行不可とのことで諦めました。
画像に関しては、テーブル構造変わりすぎてて色々面倒でしたね。

しかもこれもすぐに3.8.xにあげる必要があるとか。
あー、めんど・・・